Na verloop van tijd  worden silo aan de buitenkant smerig en kan er mos groei ontstaan. Het nadeel hiervan is dat je niet goed meer kunt hoe vol de silo zit.

Ook wordt het geadviseerd minimaal een keer per jaar de silo aan de binnenkant te reinigen, dit is in Duitsland verplicht.

Aan de binnenkant van de silo kan schimmel ontstaan. Schimmel kan ontstaat doordat het product te warm de silo in wordt geblazen waardoor condens ontstaat. Ook temperatuur verschillen helpen hier aan mee.

Door middel van een hogedruk reiniger kan de silo zowel van buiten als binnen worden gereinigd.